Oberstes Organ des WONUC ist die alle 3 Jahre stattfindende Generalversammlung.
Der gewählte Vorstand unter der Leitung des Präsidenten ist mit seinen maximal 12 Mitgliedern für die Führung der Geschäfte innerhalb dieser 3 Jahre verantwortlich. Der Vorstand setzt sich wie folgt zusammen : Präsident, Vize-Präsident, Generalsektretär, Vize-Generalsekretär, Finanzverantwortlicher und sieben Beisitzern.
Nach Bedarf werden Technische Komitees zur Durchführung von Veranstaltungen und Konferenzen durch den Vorstand oder die Generalversammlung gewählt.