Organismul executiv al WONUC este Adunarea Generala.
WONUC este condus de un Consiliu de Administratie format din maxim 12 membrii alesi din rindul membrilor sai pe o perioada de trei ani de Adunarea Generala. Acestia sunt: Presedintele, Vice-presedintele, Secretarul General, Segretarul General Executiv, Cenzorul si maxim 7 membrii.
Se formeaza echipe de lucru ad-hoc pentru a coordona fiecare din actiunile decise de Adunarea Generala sau de Consiliul de Administratie.