El cuerpo ejecutivo del WONUC es su Asamblea General.
El Consejo de Administración, compuesto por un representante por país miembro está encargado de la implementación de las políticas y estrategias decididas por la Asamblea General.
El Comité Ejecutivo está compuesto por un Presidente, un Vice-Presidente, un Secretario General, un Secretario General Ejecutivo y un Tesorero.
Se constituyen grupos de trabajo ad-hoc para realizar cada una de las acciones decididas por la Asamblea General de WONUC.
Los recursos del WONUC provienen:
- de las cuotas de los miembros
- de subsidios
- de servicios a terceros
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